С 2000 года РУП «Минск Кристалл» работает в условиях сертифицированной системы менеджмента качества (СТБ 9001).

В 2003 году предприятие сертифицировало в Национальной системе подтверждения соответствия Республики Беларусь систему экологического менеджмента (СТБ ISO 14001).

В 2004 году на предприятии внедрена и сертифицирована система управления качеством и безопасностью пищевых продуктов на основе анализа рисков и критических контрольных точек (Hazard Analysis and Critical Control Points - НАССР).

В 2008 году на предприятии внедрена система управления охраной труда (СТБ 18001).

В 2009 год предприятием получен сертификат «Organic», подтверждающий соответствие производства водок, водок особых на РУП «Минск Кристалл» требованиям европейского законодательства EU 2092/91.